Фамилия Кукольникова — одна из тех, где за простым звучанием скрывается неочевидный спор о происхождении. Самая прямая версия отсылает к профессии: «кукольник» в старину означало мастера, который делает куклы. Такое прозвище мог получить ремесленник, торговавший игрушками или участвовавший в кукольных представлениях. Фамилия образовалась по стандартной для русского языка модели: к основе «Кукольник» добавили суффикс принадлежности «-ов», а затем родовое окончание женского рода «-а».

Однако есть и другая версия, связанная не с ремеслом, а с ботаникой. В народе «кукольником» называли растение, которое сегодня известно как чемерица. Это ядовитая трава, которую в небольших дозах использовали в народной медицине. Согласно этой гипотезе, Кукольником могли наречь ребенка в надежде, что природа примет его как своего и передаст ему свои свойства — в данном случае не столько целебные, сколько защитные, оберегающие от зла. Такие «растительные» имена (Трава, Лопух, Былина) в дохристианской Руси давали не в насмешку, а как оберег.

Какая из версий вероятнее? В ономастике чаще склоняются к профессиональному объяснению. Прозвища по роду занятий давали повсеместно, и они легко закреплялись за потомками: Кузнецов, Плотников, Кукольников — в этом ряду фамилия смотрится органично. Растительная версия возможна, но менее типична для фамилий на «-ов», потому что мирские имена такого типа обычно переходили в фамилии без дополнительного суффикса (например, просто Кукольник или Кукольников без суффикса — но в данном случае суффикс «-ов» есть, что характерно именно для отчеств от прозвищ).

С точки зрения географии и сословного состава точных данных по фамилии Кукольникова в открытых источниках мало. В XIX веке носители фамилии встречались в центральных губерниях России, но массового распространения она не получила. Это не редкая, но и не частая фамилия — её обладатели могут с высокой долей уверенности считать, что их предок был либо игрушечных дел мастером, либо человеком, связанным с народной медициной и травами.