Фамилия Кукольников — один из тех случаев, где за привычным суффиксом -ов скрывается не одно, а два совершенно разных значения. В основе фамилии лежит слово «кукольник», но у этого слова в русском языке было как минимум два смысла, и каждый по-своему объясняет, откуда пошла фамилия.

Первая и самая очевидная версия — профессиональная. Кукольником называли мастера, который делал куклы, игрушки. Такое прозвище могли дать человеку, чьим ремеслом было изготовление товаров для ярмарок и балаганов. В XVII–XIX веках кукольники были востребованы: кукольные представления и простые игрушки для детей оставались частью повседневной жизни, особенно в городах и крупных сёлах. Если предок носил прозвище Кукольник, его потомки автоматически становились Кукольниковыми — по стандартной модели русских фамилий, отвечающей на вопрос «чей?».

Вторая версия — ботаническая, и она менее очевидна для современного уха. Кукольником на Руси называли не только человека, но и растение — чемерицу. В народной традиции существовал обычай давать детям «растительные» имена: считалось, что так ребёнок получает защиту и силу природы. Мирское имя Кукольник в этом смысле — не прозвище, а оберег. Родители надеялись, что мальчик унаследует от растения выносливость или отпугнёт болезни. Позже это имя, как и многие другие дохристианские имена, закрепилось в качестве фамильного.

Фамилия Кукольников образована по классической патронимической модели: суффикс -ов указывает на принадлежность («сын Кукольника»). Такая схема была самой распространённой в центральной и северной России. Интересно, что в отличие от фамилий на -ин, которые чаще образовывались от основ на -а/-я, Кукольников сохранил мужское окончание исходного прозвища.

Однозначно сказать, какая из версий верна для конкретной ветви Кукольниковых, невозможно. В разных регионах фамилия могла возникнуть независимо: где-то — от ремесленника, где-то — от мирского имени. География фамилии широкая, встречается она и в центральных губерниях, и на Урале. Точное место и время появления каждой отдельной линии требует отдельного генеалогического поиска по архивным документам, метрическим книгам и ревизским сказкам.