Фамилия Кукшенев — одна из тех, где корень не лежит на поверхности. Если отбросить суффикс -ев (вариант -ов после мягкой основы), остаётся основа «Кукшен». Она не встречается в современных русских именах и нарицательных словах, поэтому ключ к разгадке — в диалектах и старых прозвищах.

Самая вероятная версия ведёт к слову «кукша». В северных говорах кукша — это птица семейства врановых, сойка или ронжа. Прозвище Кукша могли дать человеку с пёстрой, яркой одеждой, либо крикливому, суетливому. Но есть и другое, более тёмное значение: «кукша» в некоторых областях означала «кулак», «скупой», а также «неповоротливый, закутанный человек». Какое из значений стало основой — сказать сложно, но прозвищный характер фамилии почти бесспорен.

Модель образования типична для центральной России: прозвище → Кукша → притяжательное прилагательное «Кукшен» (чей? — сын Кукши) → фамилия Кукшенев. Суффикс -ев указывает на то, что основа оканчивалась на мягкий согласный или -ш, -ж. Форма «Кукшен» — это краткое притяжательное прилагательное, которое в XV–XVII веках закрепилось как фамильное прозвание.

Менее убедительная, но допустимая версия — связь с тюркским именем Кукш (или Кокуш), которое могло попасть в русскую среду через татар или башкир. Однако для этого нет надёжных письменных подтверждений, и прозвищная версия выглядит естественнее.

Географически фамилия Кукшенев тяготеет к Поволжью и северо-восточным областям — Нижегородской, Кировской, Костромской. Это те регионы, где слово «кукша» бытовало в живом языке. Встречается и вариант Кукшин, образованный по той же основе, но с другим суффиксом.

В целом, перед нами типичная «птичья» фамилия, каких много в русском ономастиконе: Соколов, Воробьёв, Голубев, Кукшенев стоит в том же ряду, хотя и гораздо реже. Предок носителя фамилии, скорее всего, получил прозвище по внешнему сходству или повадкам — за крикливость, пёстроту или неуклюжесть.