Фамилия Кукшенева — женская форма фамилии Кукшенев, и её корни уходят в северные и центральные области России. В основе фамилии лежит прозвище Кукшень или Кукшеня. Слово «кукша» в русских говорах имеет несколько значений: так называли птицу из семейства вороновых (она же ронжа, или сойка), а в переносном смысле — неопрятного, неряшливого человека или, наоборот, скрытного и нелюдимого. В ономастике это типичная модель: прозвище по внешности или повадкам становилось основой для фамилии.

Фамилия образована с помощью патронимического суффикса -ев, который в русском языке указывает на принадлежность: «чей?» — Кукшенев, то есть сын Кукшена. Форма Кукшенева — соответственно, «жена или дочь Кукшенева». Такая модель характерна для русских фамилий, закрепившихся в XVI–XVII веках, когда крестьян и посадских людей начали массово записывать по отцу.

Географически фамилия встречается прежде всего в Вологодской, Архангельской и Кировской областях — на территории бывшего Новгородского севера, где слово «кукша» было в ходу. В этих краях прозвище Кукша могло закрепиться за человеком, который жил в лесу, промышлял охотой или отличался замкнутым нравом. В некоторых диалектах «кукша» означала также «кисть руки» или «горсть», но это значение менее вероятно для прозвища.

Интересно, что фамилия Кукшенев не попала в списки дворянских родов — это фамилия крестьянского или мещанского происхождения. В переписных книгах XVII века встречаются отдельные упоминания Кукшеневых в Устюжском и Сольвычегодском уездах, что подтверждает её северное бытование. Сегодня фамилия редкая, и её носители в основном сосредоточены в тех же регионах, где она возникла.