Фамилия Кукскаузен — один из тех случаев, когда русское ухо слышит нечто чужеродное, и не ошибается. Это не славянская фамилия, а немецкая или прибалтийско-немецкая, причём довольно поздняя по меркам истории фамилий в России. Её основа — топоним, то есть название места, где жил первый носитель.

Разберём её по составу. Первая часть, «Кукс», скорее всего, восходит к немецкому Kux или Kucks. В горном деле словом «кукс» (от лат. cupula — «бочонок») называли долю в руднике — пай. В Саксонии и Рудных горах это было распространённое понятие. Владелец такого пая мог получить прозвище Kuxer или фамилию Kux. Вторая часть, «-гаузен» (Hausen), в немецкой ономастике — типичный суффикс, означающий «дома» или «поселение». Сотни немецких фамилий оканчиваются на «-хаузен» (например, Мюльгаузен, Тенгаузен). Таким образом, Кукскаузен — это «тот, кто из Куксгаузена», то есть человек, переселившийся из деревни или хутора с таким названием.

Вероятнее всего, предок носителя этой фамилии был выходцем из немецких колонистов, которых в XVIII–XIX веках приглашали в Российскую империю. Особенно много немцев осело в Поволжье, на Волыни, в Прибалтике и в Петербургской губернии. Фамилии на «-гаузен» среди поволжских немцев не редкость, но конкретный вариант «Кукскаузен» встречается гораздо реже, чем, скажем, Шварцкопф или Миллер. Это говорит о том, что род мог быть малочисленным или происходить из одной конкретной общины.

Есть и другая, менее вероятная версия, которую не стоит отбрасывать. В нижненемецких диалектах слово «Kux» могло означать «кукушка» (ср. совр. нем. Kuckuck). Тогда прозвище Кукс мог получить человек, которого за что-то сравнивали с этой птицей — возможно, за привычку куковать, петь или за манеру внезапно появляться. В сочетании с «-гаузен» это дало бы фамилию, означающую «дом Кукушки» — тоже возможный вариант для хутора или мызы.

В русском языке фамилия Кукскаузен не склонялась по падежам как типичная немецкая, а писалась и произносилась с ударением, как правило, на первый слог: Ку́кскаузен. Встречаются варианты написания с одной «с» — Кукскаузен, или с заменой «з» на «с» — Кукскаусен, что связано с особенностями передачи немецкого звука [з] в русских документах. В любом случае, это фамилия-указатель на географическое происхождение, которая в России стала редким памятником немецкой колонизации.