Фамилия Кукьян — редкий случай, когда географический акцент бросается в глаза сразу. Это типичная фамилия молдавского и румынского происхождения, широко распространённая в Бессарабии и среди потомков переселенцев из Молдавского княжества. В русском контексте она почти не встречается за пределами регионов, граничивших с Молдавией: Одесская область, Приднестровье, а также южные районы Украины, куда молдаване мигрировали в XVIII–XIX веках.

По словообразовательной модели Кукьян — это фамилия без типичного русского суффикса принадлежности (-ов, -ин). Она представляет собой румынизированное прозвище или имя, оформленное по молдавской модели: основа + суффикс -ян (-ian), который в румынской ономастике часто указывает на происхождение из определённого места или на принадлежность к роду. Сравните с фамилиями Коган, Копыльян, Бузян — все они строятся по тому же принципу.

Основа «Кук» в молдавском и румынском языках многозначна. Самое прямое объяснение — от слова «cuc» (кукушка). В прозвищах кукушка могла символизировать одинокого человека, печального или того, кто «кукует» — то есть ведёт себя странно, нелюдимо. Вторая, не менее вероятная версия — от «cuc» как диалектного обозначения кукурузного початка или куклы (детской игрушки). В таком случае прозвище могло относиться к человеку невысокого роста, полному или к тому, кто делал куклы на продажу.

Спорная, но правдоподобная версия — связь с тюркским словом «кюк» (синий, небесный), которое могло попасть в молдавский язык через гагаузов или татар. Однако для фамилии Кукьян это маловероятно: румынский корень «cuc» гораздо органичнее ложится в структуру прозвища и не требует привлечения тюркского субстрата.

Социальный контекст фамилии типичен для молдавского крестьянства. В XIX веке, при переписях населения Бессарабской губернии, многие молдаване получали фамилии по прозвищам, которые давались в общине. Кукьян — типичное «уличное» прозвище, закреплённое в документах. Сословно носители фамилии были преимущественно государственными крестьянами или царанами (свободными земледельцами). Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано, что подтверждает её народное, низовое происхождение.

В написании фамилии возможны варианты: Кукян (с одной «ь») или Кукьяну (с румынским окончанием -у). В русских документах форма Кукьян закрепилась из-за особенностей передачи молдавских фамилий через церковнославянскую письменность, где мягкий знак в суффиксе -ьян стал нормой.