Фамилия Кулукуев — один из тех случаев, где на первый план выходит не славянская, а тюркская основа, и разбирать её стоит именно с неё. Вопреки привычной для русского уха модели на -ов/-ев, здесь корень не славянский, а имя собственное или прозвище.

В основе лежит мужское имя Кулуку (или Кулук). В тюркских языках, особенно в киргизском, казахском и ногайском, слово «кулук» означает «слуга», «раб», но в ономастике этот корень приобретает иной смысл. Имя Кулук нередко давали как составную часть сложного имени, например, Кулукбек или Кулукмурат, где «кулук» выступает в значении «раб Божий» — то есть смиренный, покорный воле Всевышнего. Позже имя упростилось до Кулуку, а фамилия образовалась по русскому патронимическому суффиксу -ев: «сын Кулуку» — Кулукуев.

Географически фамилия привязана к Северному Кавказу. Наибольшее распространение она имеет среди балкарцев и карачаевцев, реже встречается у кумыков и ногайцев. Это указывает на то, что предки Кулукуевых жили в горных или предгорных районах, где основными занятиями были скотоводство и отгонное животноводство. Сама фамилия — не дворянская и не княжеская, а скорее крестьянская или скотоводческая, что типично для большинства тюркских родовых фамилий региона.

Интересная деталь, которая отличает эту фамилию от многих других: в ней сохранился конечный гласный основы -у. В тюркских именах при добавлении русского суффикса часто отсекают последний звук (например, Кулук → Кулуков), но здесь этого не произошло. Вероятно, это связано с тем, что имя Кулуку воспринималось как полное, а не как сокращённое, и его не стали усекать при русификации. Такая особенность встречается нечасто и делает фамилию более «читаемой» в исходной тюркской форме.

Если говорить о спорных версиях, то иногда фамилию пытаются связать с калмыцким словом «кулук» — «жеребёнок». Но эта гипотеза слабая: у калмыков иная модель образования фамилий (обычно на -ов, реже на -ин), и массово фамилия Кулукуев среди них не фиксируется. Так что основная, и самая правдоподобная, версия — тюркское имя со значением «слуга Всевышнего», закрепившееся в балкаро-карачаевской среде.