Фамилия Кумунджиева — редкий случай, когда в основе, скорее всего, лежит составное тюрко-иранское прозвище. Первая часть восходит к древнетюркскому «кумуш» — «серебро». Вторая — к древнеиранскому «джан», что значит «душа». На Востоке серебро издавна символизирует внутреннюю чистоту и безгреховность, так что прозвище «серебряная душа» могло характеризовать честного, светлого человека. Есть и другие версии. Возможно, первая часть связана с тюркским kum — «песок», что указывало бы на место жительства предка. Ещё одна гипотеза отталкивается от татарского глагола «куму» — «осыпать, обогащать». В этом случае прозвище могло относиться к человеку, который сыпал щедротами или занимался обогащением руды.

Суффикс -ев указывает на принадлежность: Кумунджиев — сын или потомок Кумунджи. Сама же основа «Кумунджи» — это, по всей видимости, человек, связанный с серебром или песком (сравните с тюркскими названиями профессий на -джи/ -чи: чайчи — чаевод, демирджи — кузнец). То есть прозвище могло означать «серебряных дел мастер» или «тот, кто работает с песком». Женская форма Кумунджиева — вариант того же родового имени, закреплённый за дочерью или женой.

Фамилия явно восточного, скорее всего, крымско-татарского или кавказского происхождения, но точное место и время её возникновения без генеалогических изысканий не установить. Процесс формирования фамилий у тюркских народов шёл неравномерно, и закрепиться такое прозвище могло в разное время — от позднего Средневековья до XIX века.