Фамилия Кунупова — женская форма фамилии Кунупов. В русском языке такие фамилии образуются по стандартной модели: основа мужской фамилии плюс окончание -а. Сама же фамилия Кунупов — типичная патронимическая фамилия, то есть образованная от имени или прозвища отца с помощью суффикса -ов. Этот суффикс указывает на принадлежность: «сын Кунупа».

Главная загадка фамилии — её корень «Кунуп». В русской ономастике это редкий случай. Скорее всего, перед нами не славянское, а тюркское или монгольское имя. В языках народов Поволжья, Сибири или Средней Азии слово «кунуп» могло означать что-то вроде «завидный», «видный» или «тот, кто видит». Есть версия, что это вариант имени Кунунбай, где «кунун» — «солнце» или «свет», а «бай» — «богатый, хозяин». При переходе в русскую среду конечное «бай» могло отпасть, а «н» перейти в «п» из-за особенностей произношения.

Другая, менее вероятная гипотеза — что «Кунуп» — это искажённое календарное имя, например, Кондратий или Калинник. Но для такого превращения нет убедительных фонетических оснований, поэтому первая версия — тюркское происхождение — выглядит правдоподобнее.

Географически фамилия Кунуповы встречается в основном в Оренбургской области и Башкортостане, что подтверждает связь с тюркскими народами региона — башкирами или татарами. Предки носителей фамилии, вероятно, были крещёными или обрусевшими представителями этих народов. Сословная принадлежность могла быть разной: от государственных крестьян до казаков, но точных данных о дворянстве или купечестве по этой фамилии нет.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то стоит обратить внимание на Кунунбаев — более полный и прозрачный вариант того же корня. Фамилия Кунупова — его сокращённая, адаптированная под русскую модель форма, что делает её уникальной: она сохранила редкий корень, но потеряла первоначальную структуру.