Фамилия Кунуп — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. Если смотреть на её звуковой облик, первое, что бросается в глаза: она не вписывается в типичные русские модели на -ов/-ев, -ин, -ский или -их/-ых. Отсутствие фамильного суффикса сразу указывает на то, что это либо позднее заимствование, либо фамилия, сохранившая исходную форму прозвища или имени без переоформления.

Скорее всего, Кунуп — это русифицированная запись фамилии или прозвища, пришедшего из тюркских или кавказских языков. В тюркских языках основа «кун» (кюн, гюн) означает «солнце» или «день», а «уп» может быть искажённым окончанием или частью сложного слова. Встречаются фамилии, где «Кун» — первая часть, а «уп» — редуцированное «упыр» (ср. тюркское «упырь», «вампир» в фольклоре) или «оба» (род, племя). Но это лишь гипотезы.

Есть и другая версия: фамилия могла возникнуть из немецкого или голландского корня. В немецком «Kunup» или «Kunupp» — вариант фамилии, связанной с личным именем Konrad (в сокращённой форме Kuno) и суффиксом -up, который в некоторых диалектах указывает на принадлежность («сын Куно»). Такие фамилии встречались у поволжских немцев или переселенцев из Прибалтики. Если предки были колонистами, фамилия могла быть записана русскими чиновниками на слух, без изменений.

География бытования фамилии Кунуп сегодня — это, по данным открытых источников, единичные случаи в России и странах бывшего СССР. Она не встречается массово ни в одном регионе, что подтверждает её локальное или миграционное происхождение. Сословная принадлежность носителей не прослеживается — нет ни дворянских родов с такой фамилией, ни крестьянских переписей, где бы она фигурировала в большом числе. Скорее всего, это фамилия одной семьи или нескольких родственных ветвей, возникшая в XIX–XX веках.

Однозначного ответа на вопрос «откуда пошла фамилия Кунуп» нет. Наиболее правдоподобно, что её принесли в русскую среду либо тюркские народы (например, татары или башкиры, в среде которых встречаются фамилии без суффиксов), либо немецкие колонисты. В любом случае, это пример фамилии, которая не прошла стандартную русскую словообразовательную обработку, а сохранилась в исходном виде — что и делает её уникальной.