Фамилия Купеевы — один из тех родовых имен, где ключ к разгадке лежит не в русском, а в тюркском наречии. В основе лежит личное имя Купей, которое, скорее всего, является производной формой от более древнего тюркского имени Кубай. Слово «куба» в тюркских языках означает «бледно-бурый» — так обычно описывали масть лошади или окраску шерсти животного. Прибавление аффикса -ай придавало имени ласкательный или призывный оттенок. Таким образом, имя Кубай (а затем и Купей) могло быть прозвищным именем, данным человеку по цвету волос или смуглой коже.

Суффикс -ев в фамилии указывает на стандартную модель русской патронимии: «чей?» — «Купеев сын», то есть потомок Купея. Важно заметить, что огласовка «Ку-» вместо «Куба-» — это результат адаптации тюркского звучания к русскому уху. Встречаются и однокоренные варианты: Кубаев, Кубай, Купаев. Все они указывают на один корень, но разошлись по разным ветвям из-за местных говоров и особенностей записи в метрических книгах.

Географически фамилия Купеев тяготеет к регионам, где издавна жили тюркские народы в соседстве с русскими: Поволжье, Приуралье, Западная Сибирь. Среди носителей фамилии встречаются и татары, и башкиры, и чуваши, что не удивительно — имя Кубай было распространено у многих тюркских народов. В русских документах XVII–XVIII веков такие имена нередко попадали в разряд «инородческих» и закреплялись как фамилии целых деревень.

Не стоит искать в фамилии Купеев какой-то единой сословной принадлежности. Её могли носить и служилые татары, и ясачные крестьяне, и купцы. Приставка «Купе-» не имеет отношения к торговле («купец»), это чисто звуковое совпадение. Процесс формирования фамилии был долгим: сначала человек получал прозвище Купей, затем его дети записывались как Купеевы, а к XIX веку фамилия окончательно закрепилась за родом. Окончательно сказать, в каком именно селе и в каком году это произошло, можно только по результатам архивных разысканий в конкретной местности.