Фамилия Купеев — типичный пример того, как тюркское по происхождению имя превратилось в русскую фамилию с помощью суффикса -ев. В основе лежит личное имя Купей. Скорее всего, это не самостоятельное имя, а фонетический вариант более древнего тюркского имени Кубай. Местные говоры могли смягчить «б» в «п» — так Кубай превратился в Купей.

Имя Кубай образовано по распространённой в тюркских языках модели: к корню «куба» (бледно-бурый, светло-жёлтый — так описывали масть лошади) прибавили аффикс -ай с призывно-обращательным значением. То есть Кубай — это «тот, кто цвета куба» или, если переводить через прозвищную логику, «бледно-бурый». Подобные имена по масти (Акбай — белый, Карабай — чёрный) давали детям, чтобы подчеркнуть внешность или пожелать крепкого здоровья, как у хорошего коня.

Фамилию Купеев носит потомок человека по имени Купей. Суффикс -ев (вместо более ожидаемого -ин) указывает, что имя-основа заканчивалась на мягкий согласный или й. Это стандартная модель для фамилий, образованных от тюркских имён на -ай, -ей: Кубай → Кубаев, но через вариант Купей → Купеев.

Географически фамилия встречается в Поволжье и на Урале — в регионах, где издавна жили тюркские народы (татары, башкиры) и где русское население активно заимствовало местные имена. Встречается и у крещёных татар, и у русских, чьи предки получили тюркское прозвище. Дворянских родов с такой фамилией в истории не зафиксировано — скорее всего, предки Купеевых были крестьянами или служилыми людьми «по прибору».

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Кубаев встречается чаще и сохранил исходное имя без фонетического сдвига. Купеев — более редкий вариант, который закрепился в письменных документах именно в такой форме, возможно, из-за особенностей местного произношения или ошибки писца.