Фамилия Купеев образована от имени Купей, которое, скорее всего, является производным вариантом тюркского имени Кубай. Имя Кубай образовано путем присоединения к слову «куба», что в переводе на русский язык означает «бледно-бурый (масть)», призывно-обращательно-повелительного аффикса -ай. Таким образом, потомок человека, которого звали Купей, со временем получил фамилию Купеев.