Фамилия Крупеев — редкий случай, когда корень не прячется за затемнёнными вековыми смыслами, а лежит на поверхности. Её основа — «круп», и в русском языке это слово имеет два значения, и оба могли дать фамилию, но с разной вероятностью.

Первое значение — крупа (гречневая, овсяная, ячневая). Прозвище Круп мог получить человек, занимавшийся торговлей крупой, её производством или просто любитель каш. Второе значение — «круп» как задняя часть корпуса лошади. Однако вряд ли прозвище давали по этой части тела: в старину прозвища по анатомическим особенностям были грубее и конкретнее. Поэтому основная версия — профессиональная: Крупеев — потомок того, кого звали Круп, то есть крупяника (мельника на крупорушке или торговца). Суффикс -еев (фонетический вариант -ев после мягкого согласного) указывает на принадлежность: «сын Крупа» или «из семьи Крупа».

Любопытно, что фамилия Крупеев встречается в основном в центральных и южных регионах России, особенно в Курской, Белгородской и Воронежской областях. Это не случайно: именно чернозёмная полоса исторически была житницей, где переработка зерна и крупы была массовым промыслом. В этих краях фамилия могла закрепиться за целыми династиями мельников или крупяных торговцев.

Есть и более редкая, но лингвистически возможная версия: связь с диалектным словом «крупа» в значении «град» (в некоторых говорах так называли мелкий град). Тогда прозвище могло достаться человеку с рябым лицом или с каким-то «зернистым» дефектом кожи. Но эта гипотеза слабее: профессиональные прозвища в русской ономастике встречаются гораздо чаще, чем метафорические по внешности.

Если сравнивать Крупеева с однокоренными фамилиями (Крупов, Крупенин, Крупнов), то бросается в глаза редкость именно этой формы. Суффикс -еев здесь нестандартный: в фамилиях на -ев основа обычно оканчивается на мягкий согласный (Кудрявцев, Бобров), а «Круп» — твёрдый. Возможно, первоначально существовала форма Крупеев как вариант от Крупей (смягчённое прозвище) или как результат диалектного произношения. В любом случае, фамилия Крупеев — это не про лошадей, а про хлеб насущный, и её носители с высокой вероятностью происходят из среды ремесленников или торговцев, кормивших людей кашей.