Оно ведет свое начало от нарицательного «крупа» - «крупно смолотые хлебные зерна». Вероятно, это прозвище относится к числу «профессиональных» именований, содержащих указание на род деятельности основателя фамилии: он мог быть крестьянином-хлебопашцем, мельником, либо торговцем крупами. Также Крупеном могли именовать того, кто занимался изготовлением крупенички. Крупеничка — это традиционная обрядовая кукла, связанная с ритуалами во время посевной и сбора и урожая. Кроме того, не исключено, что Крупеном называли человека большого роста, крупного телосложения.