Фамилия Крупенин — одна из тех, где корень ясен, а вот от какого именно значения пошло прозвище, остаётся пространство для спора. В её основе лежит слово «крупа». Традиционно такие фамилии объясняют через прозвище Крупа, которое мог получить торговец крупой, мельник или человек, чья внешность или характер напоминали этот продукт — например, мелкий, сыпучий, несерьёзный.

Но есть и другой поворот. В русских говорах «крупой» нередко называли не только зерно, но и мелкого человека, «крошку», а также незрелого, молодого парня. Так что прозвище Крупа могло закрепиться за невысоким или совсем юным предком. Менее вероятная, но упоминаемая в ономастике версия связывает фамилию с медицинским термином «круп» — детской болезнью гортани. Однако такое прозвище звучит малоправдоподобно для устойчивого именования: скорее всего, это позднее осмысление уже готовой фамилии.

Словообразовательная модель проста: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей сын?» — Крупенин). Это типичная «посессивная» форма, характерная для фамилий, образованных от прозвищ на -а: Крупа → сын Крупенин. В отличие от фамилий на -ов/-ев, где основа оканчивалась на твёрдый согласный, здесь сработало правило мягкой основы.

Географически фамилия Крупенин не привязана к одной области — она встречается и в центральных регионах России, и на Урале, и в Поволжье. Это говорит о том, что прозвище Крупа было широко распространено в крестьянской среде, где торговля или обработка зерна составляли основу хозяйства.

Точное время возникновения фамилии не установить: процесс шёл несколько столетий, но в документах XVI–XVII веков уже встречаются люди с прозвищем Крупа, от которых и пошли Крупенины.