Фамилия Крупеновы (в мужском роде — Крупенов) образована от прозвища Крупен. Скорее всего, это «профессиональное» прозвище: Крупеном называли человека, который занимался изготовлением или продажей крупы. В старину крупа была одним из основных продуктов питания, и торговля ею или её производство были делом заметным. Есть и другая, бытовая версия: прозвище могли дать тому, кто делал крупеничку — традиционную русскую кашу или куклу-оберег из крупы.

Однако корень может быть и иным. В русских говорах «круп» означал широкую часть спины лошади — круп. Прозвище Крупен в таком случае могло указывать на внешность: крепкого, широкоплечего, сильного человека. Слово «крупный» в значении «большой, массивный» тоже могло сыграть роль. Так что перед нами либо ремесленное именование, либо описательное — по стати.

Фамилия образована по стандартной восточнославянской модели: к основе Крупен- добавили суффикс -ов, означающий принадлежность («чей?»). В буквальном смысле Крупенов — это «сын Крупена» или «человек из рода Крупена». Такая модель была самой распространённой на Руси в XVI–XVII веках среди крестьян и посадских людей.

Искать Крупеновых стоит прежде всего в центральных и южнорусских областях — там, где развивалось земледелие и торговля зерном. Фамилия редкая, в списках дворянских родов не встречается, что указывает на её крестьянское или мещанское происхождение. Точное время и место возникновения фамилии может установить только глубокое генеалогическое исследование: документы переписей или метрические книги конкретного уезда.