Фамилия Крупенова образована от прозвища Крупен. Скорее всего, это «профессиональное» именование, которое указывало на род занятий человека. Крупеном могли называть того, кто занимался изготовлением или продажей крупы, а также мастера, делавшего крупеничку — традиционную куклу-оберег из крупы. Но у этого прозвища есть и другая, менее очевидная версия. Слово «крупен» (или «круп») в русских говорах могло относиться к лошадиному крупу — широкой части спины. Если так, то прозвище давали человеку сильному, крепкому, широкоплечему. Обе версии имеют право на существование, и в каждом конкретном случае истинное значение зависело от местных диалектов и уклада жизни.

Фамилия образовалась по стандартной модели: к основе Крупен добавили патронимический суффикс -ов, означающий «чей?» — то есть «сын Крупена». Со временем фамилия закрепилась и перешла в женскую форму Крупенова. Интересно, что фамилия не слишком распространена и встречается преимущественно в центральных и южных регионах России, где слово «круп» в значении «крупа» или «спина лошади» было в ходу. В отличие от более частых «крупяных» фамилий вроде Крупенин или Крупнов, форма Крупенов сохранила более архаичное окончание основы, что указывает на её возможное происхождение из среды, где прозвище бытовало в прямом, не уменьшительном виде.