Фамилия Крупенёва образована от прозвища Крупень. В её основе лежит слово «крупа», но смысл мог быть разным — это не просто указание на любителя каши. В народе крупнем насмешливо называли солдата, особенно отставного: вероятно, из-за грубой, «крупчатой» фактуры мундира или ассоциации с казённым пайком. Однако прозвище могло относиться и к маленькому ребёнку — слово «крупень» в говорах иногда значило то же, что современное «кроха», то есть «малыш, крошка».

Здесь возникает смысловая развилка. В одном случае Крупнем звали человека сильного, крепкого, широкоплечего — по аналогии с крупным зерном, отборной крупой. В другом — наоборот, человека с какими-либо увечьями или болезненного: прозвище могло закрепиться иронически, по контрасту с «крупным» значением. Оба варианта правдоподобны, и без точных сведений о первом носителе выбрать единственный сложно. Фамилия Крупенёва — это отчество: «чей?» — «Крупнев», то есть потомок Крупня, а форма на -ёв указывает на мягкую основу прозвища (Крупень → Крупнев → Крупенёв).

Фамилия встречается в центральных и южных областях России, особенно в Воронежской и Ростовской областях, что согласуется с диалектным бытованием слова «крупень» в значении «кроха» или «коротышка». Стоит заметить, что ударение в фамилии падает на второй слог (Крупенёва), а не на первый, как могло бы быть при связи с «крупой» напрямую — это дополнительный аргумент в пользу прозвищного, а не прямого «продуктового» происхождения.