Фамилия Купкина — женская форма, но её основа та же, что и у мужской — Купкин. С первого взгляда кажется, что корень «куп» отсылает к купцам или торговле, и это действительно одна из возможных версий. Однако в русских фамилиях суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Купкин, то есть сын или потомок Купки. А вот что такое «Купка» — вопрос.

Самое правдоподобное объяснение: Купка — это прозвище или уменьшительная форма от имени Куприян (церковное Киприан). В народе Куприяна часто звали Купря, Куприк, а Купка — ещё один вариант этого сокращения. Такая модель хорошо знакома по фамилиям Куприн, Куприков, Купреев. Если предка звали Куприяном, а в быту — Купкой, то его сын становился Купкиным.

Есть и другая версия, связанная с глаголом «купить». Купкой могли прозвать человека, которого купили — например, выкупленного из плена или пришлого, купленного на стороне работника. В крестьянской среде, где память о происхождении держалась долго, такое прозвище могло закрепиться. Но эта гипотеза слабее: прозвища от глаголов обычно образуются через причастия (Купленный), а не через отглагольное существительное «купка», которое в русских говорах означает не человека, а действие или место торговли.

Третья, совсем редкая возможность — связь с диалектным словом «купка» (кучка, группа). В некоторых говорах так называли стог сена или копну. Прозвище Купка мог получить полный или коренастый человек — по ассоциации с округлой формой. Но это скорее догадка, чем подтверждённый факт.

Фамилия Купкина встречается в основном в центральных областях России, особенно в бывших Рязанской и Тамбовской губерниях. В этих краях имя Куприян было распространено, а фамилии на -ин от сокращённых форм — обычное дело. Так что география поддерживает первую версию.

Если коротко: скорее всего, ваши предки по мужской линии носили имя Куприян или прозвище Купка, а сама фамилия — типичный пример русской «патронимической» модели, где суффикс -ин отвечает на вопрос «чей сын?».