Фамилия Купкова — женская форма, а её мужской вариант Купков. В центре разбора оказывается суффикс -ов, который в русских фамилиях указывает на принадлежность: «чей?» — Купков, то есть сын или потомок Купка. Сама основа восходит к прозвищу или неканоническому имени Купок.

Корень здесь — «куп», и он ведёт в торговую сферу. В древнерусском языке «купля» означала торговлю, «купец» — торгового человека, а «купить» — приобрести. Прозвище Купок могли дать мелкому торговцу, скупщику или человеку, который часто что-то покупал и перепродавал. Однако есть и другая, менее очевидная версия: в некоторых говорах «куп» или «купа» значило «холм», «куча», «насыпь». В таком случае Купком могли назвать того, кто жил на возвышенности, у кургана. Эта гипотеза слабее — торговое значение корня в ономастике встречается чаще и подкреплено параллелями с фамилиями Купцов, Купецкий.

Суффикс -ок в основе Купок — уменьшительный, но необязательно ласкательный. В прозвищах он мог выполнять роль «закрепителя» признака: Купок — не просто «торговец», а «торговец с оттенком»: мелкий, небогатый, хлопотливый. Это характерно для русской прозвательной традиции, где суффиксы -ок, -ец, -ик часто снижали статус или уточняли масштаб занятия.

Географически фамилия Купков встречается в центральных и южных областях России, особенно в бывших торговых сёлах и городах Поволжья, где слово «купец» было обиходным. Встречаются единичные упоминания в переписных книгах XVII–XVIII веков, но массово фамилия не распространилась — она осталась относительно редкой, что типично для прозвищ, не ставших крестьянскими «фамилиями-прозваниями» в каждом селе.

Таким образом, предок современных Купковых, скорее всего, был человеком, связанным с куплей-продажей — возможно, мелким торговцем или скупщиком на ярмарке, а сама фамилия закрепилась за его потомками без изменений, сохранив память о занятии, а не о месте жительства.