Фамилия Крупкова — женская форма фамилии Крупков, а та, в свою очередь, принадлежит к распространённому типу русских фамилий на -ов/-ев. Суффикс -ов указывает на принадлежность: Крупков буквально означал «сын Крупка» или «человек из рода Крупка». Основа здесь — прозвище Крупок, которое образовано от слова «крупка». В старину крупкой называли мелкую крупу, в том числе гречневую или ячневую, а также — в некоторых говорах — крошку, мелкий кусочек чего-либо.

Самое прямое объяснение: прозвище Крупок могли дать человеку, который торговал крупой, молол её на мельнице или просто был мелковат, невысок ростом, «крупчатый» — то есть дробный, небольшой. В ономастике есть параллели: фамилии Крупенин, Крупников, Круподеров — все они так или иначе связаны с обработкой или продажей зерна. Крупков стоит в том же ряду, но с уменьшительным суффиксом -ок, что придаёт прозвищу оттенок скорее бытовой, чем профессиональный. Вряд ли Крупок было официальным ремесленным именем — скорее, уличным прозвищем, которое закрепилось за родом.

Географически фамилия Крупков встречается в центральных и южных областях России, особенно в чернозёмных регионах, где было развито земледелие и переработка зерна. Встречается она и на Украине, где слово «крупка» также общеупотребительно. Написание с -ова в женской форме — стандартное для русской патронимической модели, без редких или спорных вариантов.

С точки зрения сословной принадлежности, Крупковы, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми. Фамилии на -ов в этой среде массово закрепились в XVII–XIX веках, и прозвище, данное по роду занятий или внешности, — типичный случай. Среди известных носителей фамилии нет громких исторических фигур, что только подтверждает её народное, «рабочее» происхождение.