Фамилия Крупкина образована от прозвища, в основе которого почти наверняка лежит слово «крупа». Только вот значение у этого прозвища могло быть разным, и чтобы понять, кем был предок, стоит разобраться в оттенках. Самая распространённая версия — насмешливое прозвище солдата, особенно отставного, которого за неказистый вид или скудную жизнь называли Крупой. Но есть и другой, более мягкий вариант: словами «крупица» или «крупка» в народе называли маленького ребёнка, кроху. Это прямой аналог современного «малыш» или «крошка». Так что прозвище Крупа или Крупица могло закрепиться и за низкорослым человеком, и за младшим в семье.

Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: Крупкин — это сын или потомок Крупки. Здесь важно обратить внимание на форму основы. Фамилия Крупкина (женский вариант) и Крупкин (мужской) образованы не напрямую от слова «крупа», а от уменьшительно-ласкательной формы «Крупка». Это типичная модель для русских фамилий, где прозвище уже имело суффикс субъективной оценки (-к-), и к нему добавили притяжательный суффикс -ин. Такое словообразование встречается реже, чем прямое присоединение суффикса к корню, и делает фамилию более «домашней», указывая на прозвище, данное в близком кругу.

В ономастике такая модель фиксируется как одна из древних: прозвище на -ка, -ко (Крупка) становилось основой для фамилии на -ин. Подобные фамилии часто встречались в северных и центральных губерниях России. Таким образом, предок носительницы фамилии Крупкина — человек, которого в быту звали ласково или иронично Крупкой, а его дети пошли уже по фамилии Крупкины.