Фамилия Крупкин образована от прозвища или нецерковного имени Крупа. В старину «крупой» насмешливо называли солдата, особенно отставного — слово было ходовым, ёмким и не требовало пояснений. Но у прозвища был и другой, более мягкий смысл: Крупицей или Крупкой могли прозвать маленького ребёнка, как сейчас говорят «кроха». Оба значения — и «солдат», и «малыш» — вполне могли стать основой для фамилии, и разделить их сегодня трудно: в разных семьях Крупкины могли вести род и от отставного служивого, и от младшего в семье.

По словообразовательной модели фамилия относится к самому распространённому типу: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?» — Крупкин, то есть сын Крупки). Второе лицо здесь — Крупка, уменьшительная форма от Крупы. Такая модель типична для северных и центральных русских земель, где фамилии на -ин встречаются особенно часто.

Стоит обратить внимание на редкую деталь: суффикс -к- в основе не просто уменьшительный, а мог выполнять и прозвищную функцию. В говорах «крупка» — не только крупинка, но и название мелкой дроблёной крупы. Поэтому не исключено, что прозвище Крупка дали человеку мелкого телосложения или тому, кто торговал крупой. В этом случае фамилия Крупкин — «профессиональная», хотя и менее вероятная версия.

Фамилия не слишком распространена, но встречается в разных регионах России, что говорит о её древнем, а не случайном происхождении. Она не имеет отношения к дворянским родам или знати — это типичная крестьянская или мещанская фамилия, которая закрепилась за потомками человека по прозвищу Крупа или Крупка.