Фамилия Купко образовалась от прозвища Купа, а не от церковного имени. Основа «купа» в древнерусском языке означала «груда, куча, ворох, кипа». Скорее всего, так прозвали человека, который что-то скапливал, копил — либо торговца, либо просто запасливого и бережливого хозяина.

Суффикс -к- в фамилии Купко указывает на уменьшительную или принадлежную форму. В украинской и белорусской традициях такой суффикс часто добавляли к основе прозвища, чтобы обозначить потомка: Купко буквально понимали как «сын Купы» или «маленький Купа». Со временем это прозвание закрепилось за семьей и перешло в наследственную фамилию.

Существует и другая версия: имя Купа могло быть нецерковным, данным ребенку по названию растения (купа — старинное название кувшинки или некоторых трав). Родители верили, что природное имя защитит младенца и передаст ему силу растения. Однако эта гипотеза менее правдоподобна: прозвище Купа в значении «куча» встречается в источниках гораздо чаще, чем личное имя от растения.

Фамилия Купко характерна для западнорусских земель, особенно для Украины и Беларуси. В России она редка, но встречается в южных и центральных областях, куда переселялись выходцы с Украины. По сословной принадлежности предки Купко с высокой вероятностью были крестьянами или казаками — в среде духовенства и дворянства такие фамилии почти не фиксируются.

В ономастических трудах (например, в работах Б. Унбегауна) фамилии с суффиксом -ко рассматриваются как типично украинские, образованные от прозвищ или мирских имен. Купко стоит в одном ряду с фамилиями Крупко, Топорко, Шевко — все они построены по одной модели: основа + уменьшительно-притяжательный суффикс.