Фамилия Купновицкий образована по распространенной восточнославянской модели от прозвища Купновий. В основе прозвища лежит украинское слово «купно» — «покупка». Скорее всего, Купновим называли человека, связанного с куплей-продажей: торговца, скупщика товаров или вещей. Это типичное «профессиональное» прозвание, которое указывало на род занятий предка.

Суффикс -ский в фамилии Купновицкий — характерная черта польской и западнорусской ономастики. В отличие от простых патронимов на -ов/-ев или -ин, фамилии на -ский чаще носили шляхта, духовенство и мещане, а позже распространились среди всех сословий на землях бывшей Речи Посполитой. Форма Купновицкий буквально означает «сын Купновия» или «происходящий от Купновия». Со временем прозвище Купновий, которое сначала употребляли рядом с крестильным именем, полностью заменило его в быту и документах, закрепившись как фамилия.

Географически фамилия Купновицкий тяготеет к западноукраинским и белорусским землям, где были распространены фамилии с суффиксом -ский и украинская лексика в основе. Встречается она редко, что говорит о локальном происхождении — от конкретного рода, прозванного по занятию торговлей. Сравните с однокоренными фамилиями Купнов, Купневич, Купницкий — все они образованы от того же корня «куп-» (покупка, купить), но с разными суффиксами, отражающими региональные особенности словообразования.