Фамилия Купнов — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, почти наверняка связано не с торговлей, а с конкретным предметом быта. Вопреки первому впечатлению, корень здесь не «купец» и не «купить». Основа — слово «купан» или «купна»: так в русских говорах называли холщовый мешок, котомку или узел с поклажей. Человек, которого прозвали Купаном или Купном, вероятно, носил с собой такой мешок — либо постоянно, либо по роду занятий. Это мог быть странник, нищий, бродячий ремесленник или просто бережливый хозяин, не расстававшийся с торбой.

Суффикс -ов указывает на стандартную патронимическую модель: «сын Купна». Обратите внимание, что в исходном прозвище конечный -а отпал, и от основы «Купн-» образовалось притяжательное прилагательное. Форма без суффикса -ин (как было бы, если бы основа кончалась на -а: Купнин) говорит о том, что прозвище успело перейти в разряд существительных мужского рода — Купн, — и только потом обросло фамильным окончанием. Такое встречается нечасто и выдаёт в фамилии не столичное, а диалектное, народное происхождение.

В ономастических справочниках фамилия Купнов практически не упоминается, что подтверждает её редкость. Она почти наверняка сформировалась в среде крестьян или посадских людей, где прозвища по предметам одежды и утвари были обычным делом. Географически можно предположить северные или центральные губернии России — там слово «купна» в значении «мешок» фиксируется в говорах. Никакой связи с дворянскими родами или известными историческими личностями у фамилии нет, и это нормально: большинство русских фамилий именно такие — бытовые, точные, подмеченные в деревенской жизни.

Если искать однокоренные параллели, то ближе всего фамилии Купнов и Купнин, а также более прозрачная Купцов — но последняя уже точно от «купец». Купнов стоит особняком: её носитель вряд ли был купцом, скорее — человеком с котомкой за плечами.