Фамилия Купустин — редкий пример, где сходство с общеизвестным словом обманчиво. На первый взгляд она кажется вариантом фамилии Капустин, образованной от названия овоща. Однако на деле корень здесь другой, и связан он не с огородом, а с прозвищем.

В основе фамилии лежит древнерусское нецерковное имя или прозвище Купуста. В говорах слово «купуста» имело переносное значение — так называли медлительного, неповоротливого человека, увальня. Сравните с диалектным глаголом «купуститься» — замешкаться, застрять. Таким образом, Купустин — это не «капустный», а скорее «сын того, кого прозвали Купустой» за его неторопливость или неуклюжесть.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Купустин буквально означало «чей?» — «сын Купусты». Модель образования типична для русских фамилий от прозвищ на -а. Фамилия оканчивается на -ин, а не на -ов, что характерно для основ на мягкий согласный или -а/-я.

Географически фамилия Купустин тяготеет к северным и центральным регионам России, где слово «купуста» в значении «копна, куча» (от «купа») тоже встречалось, но реже. Встречаются и варианты написания через «о» — Копустин, что связано с аканьем, но исходная форма именно с «у».

Стоит отличать Купустина от Капустина. Первая фамилия — от прозвища, вторая — от названия растения, которое в старину тоже могло быть мирским именем (Капуста). Спор о том, не является ли Купустин просто диалектным произношением Капустина, разрешается в пользу самостоятельного прозвищного происхождения: слишком устойчиво значение «медлительный» в северных говорах.

В дореволюционных источниках Купустины встречаются среди крестьян и мещан. Фамилия не получила широкого распространения и осталась сравнительно редкой — это не результат ошибки писаря, а сохранившееся в документах свидетельство живого прозвища из народной речи.