Фамилия Курнатов — редкий пример, где прозвищная основа и церковное имя могли сойтись в одной точке, но след ведёт скорее к бытовой, а не к религиозной лексике. В центре здесь корень «курн-», который в русских говорах давал два разных значения: «курить» (дымить, чадить) и «короткий» (в диалектном произношении «курной»). Разбираемся по порядку.

Вероятнее всего, фамилия образована от прозвища Курнат, Курнатый — так на юге и западе России называли человека, который много курит, либо того, кто по роду занятий имел дело с дымом и гарью. В курных избах топили «по-чёрному», дым выходил через волоковое окно, и хозяин такой избы или печник вполне мог получить уличное имя Курнат. Суффикс «-ов» стандартно указывает на принадлежность: «чей сын?» — Курнатов, то есть потомок Курната.

Вторая, менее очевидная версия связывает фамилию с диалектным «курный» — короткий, низкорослый. В некоторых говорах «курнатый» означало «куцый», «обрубленный». Тогда прозвище могли дать невысокому человеку или тому, кто носил короткую одежду. Эта гипотеза правдоподобна, но уступает первой по частоте: фамилии на «-ат-» от прилагательных встречаются реже, чем от глагольных прозвищ.

Иногда Курнатовых ошибочно выводят из имени Кондрат (через народное Курнатий), но прямых лингвистических переходов между «Кондрат» и «Курнат» нет — это разные корни. Фамилия Курнатов не фиксируется в старых боярских списках и не встречается в дворянских родословных. По переписям XIX века она рассеяна в Черноземье, на Смоленщине и в Поволжье — в тех местах, где курные избы были обычным делом ещё в позапрошлом столетии.

В написании фамилии путаницы почти не бывает: ударение падает на второй слог — Курна́тов, хотя в диалектной речи могли говорить и Ку́рнатов. Вариант Курнатов сохранился без изменений, в отличие от однокоренных Курнаков или Курнаев, где суффиксы указывают на другую словообразовательную модель.