Фамилия Кусайынханова — редкий пример сложносоставной фамилии тюркского происхождения, в которой соединились арабское имя, тюркский титул и русский суффикс. Её основа — мужское имя Кусайынхан, где первая часть восходит к арабскому Хусейн (уменьшительная форма от Хасан, «хороший, красивый»), а вторая — к тюркскому хан («правитель, владыка»). Таким образом, имя Кусайынхан буквально означает «красивый хан» или «достойный правитель». Окончание -ова указывает на принадлежность: Кусайынханова — «дочь (или жена) Кусайынхана».

Словообразовательная модель здесь тройная: арабский корень → тюркский антропоним → русский суффикс. Это типично для фамилий, которые фиксировались в Российской империи у народов Средней Азии и Казахстана, где традиция давать детям имена с компонентом «хан» была распространена среди знати, но со временем стала бытовой. Суффикс -ова — женский вариант, мужская форма фамилии — Кусайынханов.

Географически фамилия, скорее всего, происходит из казахской или узбекской среды. Встречаемость её крайне низкая, что говорит о том, что род мог быть небольшим по численности или фамилия закрепилась в одной локальной группе. В отличие от массовых фамилий на -ов, которые образованы от прозвищ или профессий, Кусайынханова несёт в себе память о конкретном предке по имени Кусайынхан — скорее всего, уважаемом человеке в общине, возможно, старшине или аксакале.

Есть вероятность, что в основе лежит не полное имя, а прозвище: Кусайынханом могли назвать человека, который вёл себя властно или занимал руководящую должность. Однако для тюркских культур характерно образование фамилий именно от личных имён, а не от прозвищ, поэтому версия с именем выглядит убедительнее.

Фамилия не имеет отношения к русским дворянским родам — её носители, как правило, крестьянского или кочевого происхождения. Сегодня она может встречаться у потомков переселенцев из Центральной Азии, живущих в Казахстане, России или странах СНГ.