Фамилия Кусаинова происходит от мужского имени Кусаин — одной из народных, обрусевших форм арабского имени Хусейн (в классическом написании Хусаин). Имя это восходит к раннему периоду ислама: Хусейн ибн Али был внуком пророка Мухаммеда, вторым сыном Али и Фатимы. Для шиитов он — третий имам, чья трагическая гибель в битве при Кербеле стала ключевым событием истории. В тюркских языках, особенно у башкир, татар и казахов, имя усвоилось в формах Хусаин, Гусман, Кусаин, а затем перешло в фамилию.

Суффикс -ов(-а) в фамилии Кусаинова — стандартная русская модель притяжательного падежа: «чей?» — Кусаинов, то есть сын (или дочь) Кусаина. Фамилия закрепилась в документах Российской империи при переписях и учете мусульманского населения, когда к именам добавляли русские патронимические окончания. Женская форма Кусаинова — не отдельное образование, а грамматический вариант от той же мужской основы, передаваемый по женской линии.

Географически фамилия распространена в Башкортостане, Татарстане, Оренбургской и Челябинской областях, а также среди казахов северных регионов Казахстана. Это указывает на среду бытования: оседлые и полукочевые тюрко-мусульманские общины, где имя Кусаин давали в честь почитаемого предка. Процесс образования фамилии был длительным, поэтому точное место и время возникновения рода Кусаиновых требует отдельного генеалогического поиска — записей в метрических книгах Оренбургского магометанского духовного собрания или ревизских сказках.

Интересная деталь: в русских документах XIX века фамилию могли записать как Кусаинов, Хусаинов или даже Гусаинов — в зависимости от диалекта писаря. Форма Кусаинова (через «у» и с твердым «н» на конце) характерна именно для башкирской и татарской передачи, где арабский звук «х» переходит в глухой «к». Это отличает её от южных тюркских вариантов, где сохраняется «х» (Хусаинов).