Фамилия Кусаев образована от личного имени Кусай, и у этого имени есть как минимум три версии происхождения. Наиболее вероятная — кавказская: от чеченского слова «кIус», то есть «макушка головы». В таком случае имя могло указывать на внешность или даваться по обычаю называть ребёнка по части тела. Вторая версия — тюркская. Она связывает имя Кусай с киргизским словом «куса» — «тоска, печаль». Здесь имя сработало бы как охранительное: чтобы уберечь младенца от горя, его нарекали «печальным» — своеобразный оберег от злых сил. Подобная практика встречается у многих народов.

Третья гипотеза выводит прозвище Кусай из славянской среды, от глагола «кусать». Прозвище Кусай на Руси давали не столько людям, сколько злым собакам, бросавшимся на прохожих. Перенесённое на человека, оно указывало на характер: агрессивный, злобный, неуживчивый. Эта версия менее убедительна, так как фамилия Кусаев практически не встречается в исконно русских регионах и гораздо чаще фиксируется на Северном Кавказе и в Поволжье.

Суффикс -ев указывает на принадлежность: Кусаев — сын Кусая. По модели образования фамилия типична как для русской, так и для тюркской антропонимии, поэтому определить этническую принадлежность по одной только грамматике сложно. География бытования фамилии склоняет чашу весов в пользу кавказской или тюркской версии.