Фамилия Кусаин — редкий случай в русском ономастиконе. Её происхождение почти наверняка связано с тюркскими языками, а не со славянскими корнями. Если отбросить случайное совпадение с русским глаголом «кусать», то основа «куса» или «кусай» ведёт к арабскому имени Хусаин (Хусейн, Хусайн) — уменьшительной форме от Хасан, означающей «хороший», «добрый». В тюркской среде имя трансформировалось в Кусаин, Кусай, а на русской почве потеряло начальное «х», что типично для заимствований через казахский, башкирский или татарский языки.

Словообразовательная модель здесь нестандартная. Фамилия не получила типичного русского суффикса -ов или -ин. Она застыла в форме чистого имени — Кусаин. Такое оформление встречается у фамилий, которые фиксировали прозвище или личное имя без переработки, особенно у народов Поволжья, Урала и Сибири, где русская административная машина записывала инородцев «как слышала». В метрических книгах и ревизских сказках могли написать просто «Кусаин», и это становилось наследственным прозванием.

Географически фамилия тяготеет к регионам с компактным проживанием тюркских народов: Оренбуржье, Челябинская область, Башкортостан, Татарстан, а также север Казахстана. Встречается она и у русских старожилов этих мест, но в таком случае предки, скорее всего, были крещёными татарами или башкирами, либо получили прозвище от соседей-мусульман.

С точки зрения социального контекста, носители фамилии Кусаин в XIX веке чаще всего были государственными крестьянами или казаками. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано. Это имя-фамилия, которая прямо указывает на имя основателя рода — человека по имени Кусаин, что делает её своеобразным маркером этнической и культурной границы между славянским и тюркским миром.