Фамилия Кусаинов образована от арабского имени Хусейн (Husain), которое через тюркские языки закрепилось в форме Кусаин. Имя Хусейн означает «маленький красивый», «хороший» — это уменьшительно-ласкательная форма от имени Хасан. В истории ислама Хусейн был вторым сыном Али и внуком пророка Мухаммеда, третьим халифом шиитов, что придаёт имени высокий религиозный статус. Фамилия Кусаинов — типичная русская патронимическая модель, где к тюркской основе Кусаин добавлен суффикс -ов, указывающий на принадлежность: «сын Кусаина» или «потомок Кусаина». Такое переоформление восточных имён по русскому образцу массово происходило в XIX — начале XX века при записи в метрические книги и переписи населения, особенно среди татар, башкир и казахов. В отличие от фамилий на -ин, которые чаще образуются от основ на -а/-я, суффикс -ов здесь стандартен для фамилий, восходящих к именам на твёрдый согласный. Географически фамилия Кусаинов наиболее распространена в Башкортостане, Татарстане, Оренбургской области и Казахстане — регионах, где веками соседствовали тюркские и славянские языки. Встречаются варианты написания Кусаинов и Хусаинов, причём форма с «Х» ближе к арабскому оригиналу, а с «К» — результат тюркского произношения, где начальный «х» часто переходит в «к». Сословно предки Кусаиновых могли быть как крестьянами, так и служилыми татарами или муллами, ведь имя Кусаин давали в семьях с уважением к исламской традиции, независимо от социального положения.