Фамилия Кущеняев — один из тех редких случаев, когда носитель слышит в своей фамилии явный тюркский отзвук, и интуиция его не обманывает. Основа здесь — тюркское личное имя или прозвище Кущеня (или Кущене). В тюркских языках, особенно в башкирском, татарском и казахском, корень «куш» означает «птица» (часто хищная — сокол, беркут) или «пара, двойня». Суффикс «-еня/-ене» может указывать на ласкательную или уменьшительную форму. Таким образом, Кущеня — это, скорее всего, «птичка», «соколик» или «маленький беркут». Прозвище могли дать человеку лёгкому, быстрому, зоркому, либо родившемуся в год Птицы по восточному календарю.

Словообразовательная модель фамилии — типично русская: к тюркской основе Кущеня добавили русский патронимический суффикс -ев (вариант суффикса -ов после мягкого согласного). По схеме «Кущеня → сын Кущени → Кущеняев» фамилия и закрепилась. Это указывает на то, что предок носителя фамилии, скорее всего, принял православие (или уже был крещён) и получил фамилию по отцу, как это было принято в среде служилых татар, башкир и других тюркских народов, переходивших на русскую службу в XVI–XVII веках.

Географически фамилия тяготеет к Поволжью и Приуралью — регионам, где веками шло тесное общение славянского и тюркского населения. Встречается она и у башкир, и у татар, и у русских, причём у последних — часто в среде бывших однодворцев или служилых людей, которые селились на южных рубежах. Спорных версий у фамилии немного, и все они слабы. Иногда Кущеняева пытаются вывести из славянского «куща» (шалаш), но это маловероятно: суффикс «-еня» в русских прозвищах встречается редко, а для фамилии от «куща» ждали бы форму Кущев или Кущин.

В написании фамилии возможны варианты: Кущеняев, Кущенеев, Кущаняев. Это связано с неустойчивостью гласного в тюркском корне при передаче через русскую кириллицу. Единственная деталь, которая делает эту фамилию непохожей на соседние: в отличие от массовых Кузнецовых или Поповых, Кущеняев — это штучный товар. Если вы встретили однофамильца, велика вероятность, что вы из одного небольшого села или одного рода.