Фамилия Кущетеров — редкая и сложная для однозначного толкования. Её основа, скорее всего, не славянская, а тюркская или кавказская, что сразу выделяет её из ряда типичных русских фамилий на -ов. Суффикс -ов указывает на русскую модель оформления (притяжательное значение «чей?»), но само слово, лёгшее в основу, пришло из другого языка.

Наиболее вероятная версия связывает фамилию с тюркским словом «кущ» или «куш» — «птица». В таком случае «Кущетеров» может означать «сын птицелова» или «принадлежащий охотнику на птиц». В тюркских языках есть и имя Кушетер (Куш-етер) — буквально «птица-муж», «мужчина-птица», то есть прозвище, данное ловкому, быстрому или вольному человеку. Подобные «птичьи» фамилии (Кущев, Кушнеров, Кушнир) встречаются в среде тюркских народов, а также у кубанских казаков и горских евреев, где смешались языковые традиции.

Менее вероятна, но возможна связь с кавказскими языками. В адыгских языках есть корень «кущ» (куащ) — «долина», «ущелье». Тогда Кущетеров — выходец из местности, называемой Кущет (или Кущеты), то есть человек из ущелья. Суффикс -ер в этом случае может быть реликтом местного форманта (ср. адыгские фамилии на -еро, -еров). Однако эта версия слабее, так как в русской документации фамилии с таким корнем почти всегда фиксируются именно у тюркоязычных групп.

Исторически носители фамилии Кущетеров — это, скорее всего, выходцы из среды служилых татар, башкир или ногайцев, которые переходили на русскую службу и получали фамилии по прозвищу или занятию отца. В XIX веке фамилия встречается в документах Астраханской и Ставропольской губерний, а также в Терской области — регионах, где тюркские и кавказские народы долго соседствовали с русскими. Сословно предки Кущетеровых могли быть как крестьянами (в том числе однодворцами), так и казаками, но точных данных о дворянстве этой фамилии нет — она не входит в «Бархатную книгу» и родословные сборники.

Таким образом, основная версия: Кущетеров — русифицированная тюркская фамилия от прозвища Кушетер («птицелов» или «ловчий»), а её носители — потомки тюркских переселенцев, осевших на южных рубежах России.