Фамилия Кушенева — женская форма, а в мужском варианте она звучит как Кушенев. Её основа, скорее всего, связана с прозвищем или некалендарным именем Кушень, которое могло быть уменьшительно-ласкательной формой от слов «куш» или «куша». В русских говорах «куша» означала «кусок, ломоть», а в некоторых диалектах — «корзина, лукошко». Прозвище Кушень могли дать человеку, который любил плотно поесть, либо тому, кто плел корзины или торговал ими.

Модель образования типична для русских фамилий: к основе на мягкий согласный (-нь) добавляется суффикс -ев, указывающий на принадлежность («чей сын?»). Таким образом, Кушенев — это «сын Кущеня» или «потомок человека по прозвищу Кушень». Суффикс -ев, а не -ов, говорит о том, что основа оканчивалась на мягкий или шипящий звук (в данном случае на -нь).

В ономастике есть и другая версия: фамилия могла возникнуть от тюркского слова «куш» (птица) или «кушен» (птичий). В таком случае Кушенев — потомок человека, которого за быстрый нрав или лёгкость прозвали «Птицей». Однако для центральных русских регионов, где фамилия встречается чаще всего (Вологодская, Архангельская области), более правдоподобно славянское происхождение от прозвища, связанного с едой или ремеслом.

Фамилия редкая и не попала в массовые списки дворянских родов. Её носители, скорее всего, принадлежали к крестьянскому или мещанскому сословию. Встречаются также варианты написания с одной «н» — Кушенева, что может быть следствием ошибки при переписи или местного произношения.