Фамилия Кушен — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. В отличие от массовых фамилий на -ов и -ин, она не вписывается в стандартную восточнославянскую модель. Её форма указывает на то, что перед нами либо фамилия, застывшая в виде чистой основы (без русского суффикса принадлежности), либо фамилия, пришедшая из другого языка.

Самый вероятный путь образования — от прозвища или имени Куш. В русских говорах «куша» — это уменьшительное от «кучерявый» (кудрявый). Прозвище Куш могли дать человеку с вьющимися волосами. Суффикс -ен в таком случае — это не русский патронимический суффикс, а скорее украинский или белорусский уменьшительный (как в фамилиях Коваленко, но в усечённой форме) либо просто окончание, при котором фамилия осталась в форме прозвища. Так же образованы фамилии Машен, Савен, Тишен — от личных имён или прозвищ.

Вторая версия — тюркское происхождение. В тюркских языках «куш» означает «птица», а «кушен» может быть притяжательной формой («птичий») или именем собственным. В таком случае фамилия могла принадлежать потомкам выходцев из Золотой Орды или казанских татар, перешедших на русскую службу и сохранивших родовое имя без переделки. Эта версия подкрепляется тем, что фамилии на чистую основу без славянских суффиксов (Кушен, Алымов, Булат) часто имеют степные корни.

Третья, менее вероятная гипотеза — связь с немецкой фамилией Kuchen (кухня, пирог), которая при записи на слух могла превратиться в Кушен. Такое возможно в среде поволжских немцев или прибалтийских переселенцев, но массовых подтверждений нет.

Географически фамилия встречается разрозненно: единичные носители есть на юге России, в Беларуси и на Украине. Это говорит о том, что Кушен — не локальная, а редкая рассеянная фамилия, возникшая в разных местах независимо от разных основ.

Словообразовательно фамилия интересна тем, что она «голая» — без привычного -ов или -ин. Это ставит её в один ряд с фамилиями-прозвищами, которые не успели обрасти суффиксами в момент закрепления, или с адаптированными иноязычными фамилиями. Если ваш предок был Кушен, он мог быть либо кудрявым крестьянином из западных губерний, либо человеком с тюркскими корнями, чьё родовое имя означало «птица».