Фамилия Кушигин — редкий случай, когда географический ареал бытования подсказывает разгадку точнее, чем прямой разбор корня. Если отбросить автоматическое «от слова кушать» (что для фамилии маловероятно), остаётся две версии, и одна из них привязана к конкретному региону.

Основа фамилии — прозвище или неканоническое имя Кушига. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Кушигин, то есть сын или потомок Кушиги. Модель типична для русских фамилий, образованных от прозвищ с конечным -а.

Первая версия — финно-угорская. В коми-пермяцком и удмуртском языках есть слово «куш» — «голый, пустой, лысый». Уменьшительная форма «кушига» могла означать «лысый человек» или «голыш» (бедняк). Эта версия правдоподобна, потому что фамилия Кушигин встречается в Пермском крае и Удмуртии — на территории исторического расселения коми и удмуртов. Русское население этих мест нередко усваивало прозвища из местных языков, а затем оформляло их русским суффиксом -ин.

Вторая версия — от тюркского «куш» — «птица». В татарском и башкирском «куш» означает «птица» или «пара», а «кушига» могло быть ласкательным прозвищем ловкого, быстрого человека. Но эта версия слабее: для тюркских основ в русских фамилиях типичнее суффикс -ев (Кушев), а не -ин. Кроме того, массового расселения Кушигиных в татарских регионах не зафиксировано.

Есть и третья, совсем маргинальная гипотеза — от диалектного глагола «кушить» (в некоторых говорах — «прятать, таить»). Но слово это редкое, и документальных подтверждений его употребления в качестве прозвища нет.

Таким образом, наиболее вероятно, что предок Кушигиных получил прозвище на севере Прикамья или в Предуралье — за лысину или за бедность. Фамилия не дворянская и не крестьянская в узком смысле: по переписям XIX века Кушигины числились среди государственных крестьян и мещан Вятской и Пермской губерний. Сейчас фамилия остаётся редкой, с заметной концентрацией в Кировской области и Удмуртии.