Фамилия Кушигина — женская форма фамилии Кушигин, а та, в свою очередь, образована от прозвища или нецерковного имени Кушига. В основе лежит, скорее всего, диалектное слово «кушига» — так в некоторых северных и сибирских говорах называли кочку, болотистую возвышенность, поросшую мхом или кустарником. Если это так, то прозвище Кушига могли дать человеку, который жил на такой кочке, на сыром, неровном месте, или же тому, кто по характеру напоминал «кушигу» — был коренастым, плотным, «сбитым». В ономастике это обычный путь: географический объект становится прозвищем, а прозвище — фамилией.

Вторая, менее вероятная версия выводит корень из тюркских языков: «куш» — птица, а «куши» — сокольничий, птицелов. В этом случае фамилия могла указывать на занятие предка. Однако для фамилии Кушигин (Кушигина) такое объяснение кажется натянутым: суффикс -иг- нехарактерен для русской адаптации тюркских основ, и гораздо естественнее видеть здесь исконно русскую диалектную лексику.

Суффикс -ин в фамилии Кушигин указывает на принадлежность: «чей?» — Кушигин, то есть сын Кушиги. Такая модель типична для фамилий, образованных от прозвищ на -а, -я. Фамилия редкая, географически тяготеет к северу европейской части России — Вологодской, Архангельской областям, а также к Уралу и Сибири, куда переселенцы принесли свой говор. Встречается она и в Пермском крае, и в Кировской области. Сословного барьера у фамилии не было: Кушигины могли быть и крестьянами, и мещанами, и даже купцами — всё зависело от конкретной семьи. В справочниках по ономастике фамилия не имеет широкой разработки, что говорит о её локальном, нестоличном происхождении.