Фамилия Кусонин — редкий пример, где основа настолько затемнена, что без диалектной лексики не обойтись. На первый взгляд кажется, что корень «кус» отсылает к чему-то откусанному или к куску, но суффикс «-он» в русских фамилиях встречается нечасто и указывает на иную природу слова.

Скорее всего, в основе лежит прозвище Кусоня. Такие формы с суффиксом «-оня» (ср. Тихоня, Соня) в северных и сибирских говорах давали ласкательно-ироничный оттенок. Кусоней могли назвать привередливого в еде человека — того, кто «кусает», но не ест, или, наоборот, любителя перекусить. Второй вариант: прозвище от глагола «кусать» в переносном смысле — язвительного, колкого человека. Фамилия образована по типичной модели: прозвище на «-оня» + патронимический суффикс «-ин», то есть «сын Кусони».

Географически фамилия тяготеет к северо-востоку России: встречается в старых записях Вятской губернии и Пермского края. В этих местах слово «кусоня» могло означать не только человека, но и мелкое животное — например, куницу или хорька. В охотничьем арго так называли зверька, который «кусает» добычу. Тогда фамилия могла достаться зверолову или человеку с прозвищем по повадкам.

В отличие от распространённых Кузнецовых или Ивановых, Кусонин не имеет связи с крестильными именами. Это чисто прозвищная фамилия, и её носители, скорее всего, происходили из крестьянской или промысловой среды. В словарях русских фамилий она не упоминается — это говорит о её локальном бытовании. Если искать родственников, стоит обратить внимание на однокоренные фамилии Кусов, Кусакин, Кусаев — они могут указывать на общий диалектный корень, но Кусонин стоит особняком из-за своего редкого суффикса.