Фамилия Кусонина — женская форма, а её мужской вариант — Кусонин. В основе, скорее всего, лежит прозвище или нецерковное имя Кусоня. Такие имена на -оня в русской традиции были нередки (вспомните хотя бы Мамона, Хороня) и часто образовывались от глаголов или описательных характеристик.

Самая вероятная версия связывает Кусоню с глаголом «кусать». В старых говорах «кусоня» могли назвать язвительного, острого на язык человека — того, кто «кусает» словом. Менее распространённая гипотеза — происхождение от диалектного «кус» (кусок, доля) или от слова «кусень» — так в некоторых областях называли ломоть хлеба. В этом случае прозвище мог получить либо жадный, либо, наоборот, запасливый и хозяйственный человек, либо тот, кто занимался разделом еды или добычи.

Суффикс -ин указывает на типичную русскую модель образования фамилий от личных имён и прозвищ, оканчивающихся на -а/-я. Кусонин буквально значит «сын Кусони» или «человек из рода Кусони». Фамилия редкая и, по всей видимости, имеет севернорусские или вологодские корни — именно в этих регионах чаще встречаются прозвища с суффиксом -оня. Встречаются также однокоренные фамилии Кусакин, Кусалов, Кусов, но Кусонин стоит особняком из-за своей уменьшительно-ласкательной или пренебрежительной формы, которая могла закрепиться за конкретным человеком в быту.

Сословного барьера у фамилии Кусонин нет: прозвище Кусоня мог получить и крестьянин, и посадский человек. В писцовых книгах и ревизских сказках XVIII–XIX веков такие фамилии встречаются в основном среди крестьян и мещан Русского Севера. Сегодня носители фамилии живут в основном в России, но точной географической привязки без специального исследования не дать — фамилия настолько редкая, что не попала в крупные справочники и словари русских фамилий, например, в работу Б. Унбегауна или В. Никонова.