Фамилия Кустаева — женская форма фамилии Кустаев, и ее происхождение напрямую связано с мужским именем Кустай. В основе этого имени лежит ингушское слово «куст», которое означает «осанка, фигура, грация, внешность». Таким образом, имя Кустай, скорее всего, было прозвищем, которое давали человеку за его стать или красивую внешность, а фамилия, образованная от него, указывала на принадлежность к роду этого человека.

Сама модель образования — от имени или прозвища через суффикс -ев — одна из самых распространенных в русской ономастике. Она типична для фамилий, возникших в среде крестьян и мещан, где отчество или прозвище отца переходило в фамилию детям. В данном случае суффикс -ев присоединился к основе, оканчивающейся на -й (Кустай), что дало форму Кустаев (буквально «сын Кустая»).

Процесс формирования фамилий в России, особенно на Кавказе и в южных регионах, был длительным и неоднородным. Окончательно говорить о точном месте и времени возникновения рода Кустаевых можно лишь на основании генеалогических исследований: фамилия могла закрепиться как в XIX веке среди переселенцев или горских народов, так и раньше. Стоит отметить, что, хотя корень слова ингушский, фамилия Кустаева встречается не только на Северном Кавказе, но и в центральных областях России, что говорит о возможных миграциях или смешении с русскими фамилиями, образованными от диалектных слов «куст» (например, прозвища для живущего в зарослях или торговца кустарником).