Фамилия Кустанаев — один из тех случаев, когда географическое название становится родовым именем, но с неочевидным путем. Вопреки первому впечатлению, ее основа — не город Кустанай (ныне Костанай в Казахстане), а скорее тюркское прозвище или имя Кустанай. Город получил свое название лишь в конце XIX века, а фамилии с такой основой фиксируются раньше, причем в среде русских крестьян и казаков, контактировавших с тюркскими народами.

Разбираем словообразовательную модель. Суффикс -ев указывает на русскую патронимическую форму: Кустанаев буквально означает «сын Кустана́я». Само имя Кустанай в тюркских языках (особенно в казахском, башкирском, татарском) могло быть вариантом имени Кустанай или Куснай, восходящего к арабскому «хусн» — «красота, доброта», либо к тюркскому «кус» (птица) с уменьшительным аффиксом. В любом случае, это личное имя, которое давали ребенку, а не прозвище по месту жительства.

Географический след фамилии подтверждает эту версию. Основной ареал Кустанаевых — Оренбургская, Челябинская области и Башкортостан, то есть регионы, где веками жили бок о бок русские, башкиры, татары и казахи. Там тюркские имена легко входили в русский обиход, а затем закреплялись в фамилиях. Встречаются Кустанаевы и среди уральских казаков, которые нередко перенимали имена соседей.

Более редкая, но возможная версия — связь с русским диалектным словом «кустанай» (или «кустань»), означавшим кустарник, заросли. Тогда прозвище Кустанай могли дать человеку, жившему в густых кустах или имевшему лохматую, «кустистую» внешность. Однако эта гипотеза слабее: тюркское происхождение подкрепляется и суффиксом -ай, типичным для тюркских имен, и устойчивой традицией заимствования таких имен на южноуральской границе.

Таким образом, предок носителя фамилии Кустанаев, скорее всего, был русским (или обрусевшим) человеком, которого в быту называли по имени отца — Кустанай. Этот отец мог быть крестьянином, казаком или мелким служилым человеком, жившим в зоне активного русско-тюркского пограничья в XVII–XVIII веках. Фамилия не указывает на дворянство или духовенство, а типична для простонародья, особенно для тех, кто осваивал южные и восточные окраины России.