Фамилия Кустачева образована по самой распространённой в русском языке модели — с суффиксом -ев. Этот суффикс присоединяли к основам, оканчивающимся на мягкий согласный или шипящий, и означал он принадлежность: Кустач → сын Кустача → Кустачев. Соответственно, Кустачева — женская форма той же фамилии.

Основа фамилии — прозвище или нецерковное имя Кустач. Его корень «куст» в народной речи имел несколько значений. Самое прямое — человек невысокого роста, коренастый или с густой, пышной шевелюрой (как куст). В диалектах слово «куст» могло означать группу домов, отдельное поселение или даже артель. Поэтому прозвище Кустач мог получить и тот, кто жил на отшибе, в небольшом хуторе, или, напротив, член какой-либо промысловой артели.

Менее вероятна, но возможна связь с профессией. В некоторых говорах «кустачом» называли того, кто занимался кустарным промыслом — ремесленника-одиночку, работавшего на дому. Однако это значение более позднее и книжное, а прозвища обычно возникали из живой разговорной речи.

Фамилия Кустачев (и Кустачева) не принадлежит к числу аристократических. Скорее всего, её носили крестьяне или мещане. Суффикс -ев указывает на центральные и северные русские земли, где эта модель была особенно распространена. Географически фамилия встречается рассеянно, без ярко выраженного «гнезда», что говорит о её древнем, но не массовом происхождении.

Ударение в фамилии, скорее всего, падает на второй слог: Кустáчева. Это соответствует произношению исходного прозвища Кустáч.