Фамилия Кустарев образована от прозвища Кустарь. В основе этого прозвища — не русское слово «куст», а заимствование из немецкого языка: средненемецкое kunster или kunstener, а также верхненемецкое kunster и künster означают «знаток искусства, ремесла». Так что Кустарь — «профессиональное» именование: предок носителя фамилии, скорее всего, владел ремесленной мастерской или был искусным мастером-одиночкой.

В XIX веке слово «кустарь» прочно вошло в русский язык именно в значении «ремесленник, работающий на дому». Каждая губерния славилась своим промыслом: в Нижегородской кустари ковали ножи, гвозди и замки, в Тверской шили обувь, на севере Европейской России мастерили сани, телеги, мебель и игрушки, а в Московской и Владимирской губерниях процветали текстильные и кружевные ремёсла. Поэтому предки Кустаревых могли быть заняты в самых разных отраслях — от металлообработки до деревянных изделий.

Фамилия оформлена по стандартной модели: к основе «Кустарь» добавили притяжательный суффикс -ев (вариант -ов после мягкого согласного). В разговорной речи и в документах встречается двоякое ударение — Ку́старев и Куста́рев, а также вариант написания с буквой «ё»: Кустарёв. Такое колебание характерно для фамилий, образованных от слов с подвижным ударением.