Фамилия Кустылкин — редкий случай, когда в основе лежит не имя и не профессия, а, скорее всего, обиходное прозвище, данное по внешности или манере поведения. Вопреки первому впечатлению, корень здесь не «куст» (растение), а «кустыль» — так в некоторых русских говорах называли калеку, хромого или человека с негнущейся, деревянной походкой. Слово «кустыль» родственно диалектному «костыль»: палка для опоры при ходьбе. Человек, который ходил с костылём или прихрамывал, мог получить прозвище Кустыль, а его дети и внуки — фамилию Кустылкины.

Суффикс «-ин» указывает на древнейшую модель русских фамилий: он присоединялся к основам на -а/-я и означал «чей?», «чей сын?». Кустылкин буквально — «сын Кустыли». Такая форма характерна для северных и центральных областей России, где фамилии на «-ин» встречаются чаще, чем на юге. Географически фамилия действительно тяготеет к Поволжью и Вятке — в переписях XIX века Кустылкины встречаются в Казанской, Вятской и Нижегородской губерниях, что косвенно подтверждает диалектное происхождение корня.

Менее вероятная, но возможная версия связывает фамилию с забытым ремеслом. В некоторых говорах «кустыль» означало не только костыль, но и кривой нож или инструмент для плетения лаптей. Если это так, то Кустылкин мог быть мастером-лапотником или бондарем. Однако эта гипотеза слабее: в словарях Даля и Фасмера такое значение не зафиксировано как основное, и оно не объясняет, почему прозвище закрепилось именно за родом.

Примечательно, что фамилия Кустылкин не имеет отношения к слову «куст» — в противном случае мы бы имели форму Кустов или Кустиков. Суффикс «-к-» в основе «Кустылк-» не уменьшительный, а скорее пренебрежительный или бытовой, характерный для прозвищ (сравните: «кустыль» — как «кабыль» или «катыль»). Так что перед нами не «маленький куст», а «хромой человек», и фамилия эта — живое свидетельство того, как русский язык превращал физический недостаток в родовое имя, без осуждения, а просто по-крестьянски прямо.