Фамилия Кусюкбаев звучит на редкость, и причина не только в её длине. Она образована по тюркской модели, но с русским фамильным суффиксом -ев, что выдаёт её позднее оформление (не раньше второй половины XIX века, когда у оседлых народов начали массово записывать фамилии по русскому образцу). Основа фамилии — сложное имя Кусюкбай, которое можно разобрать на две части: «кусюк» и «бай».

Слово «кусюк» (или «күсүк» в тюркских языках) означает «кусочек», «часть», «отрезок». В именах оно часто выступало как охранительный компонент: родители давали ребёнку имя со значением «маленький», «неполный», чтобы обмануть злых духов и отвести от младенца болезни. То есть Кусюк — это «кроха», «малыш», а не обидное прозвище. Вторая часть — «бай» (богатый, хозяин, господин) — один из самых распространённых компонентов в тюркских составных именах, он придавал имени пожелание достатка и статуса. Следовательно, Кусюкбай — это «маленький богач» или «кроха-хозяин»: имя-оберег, совмещённое с благопожеланием.

Фамилия Кусюкбаев, скорее всего, казахская или башкирская. В казахском языке имя Күсікбай (с мягким «к») встречается, хотя и не входит в число самых популярных. В башкирском есть параллельные формы с тем же корнем. Русский суффикс -ев присоединяется к основам на согласный — в данном случае к «бай», который в русской записи часто теряет конечный «й» или сохраняет его, но фамилия всё равно пишется через «ев» (как Карабаев, Темирбаев). Вариант Кусюкбаев — это русифицированная запись, где имя Кусюкбай превратилось в фамилию по принципу «сын Кусюкбая».

Географически носители фамилии встречаются в Казахстане (особенно в южных и западных областях) и среди башкир Челябинской области. В России фамилия редкая, в основном сосредоточена в регионах с тюркским населением. Сословно предки Кусюкбаевых были, вероятно, скотоводами или земледельцами — никаких следов дворянства или купечества эта фамилия не несёт. Она из тех, что родились в ауле или деревне и закрепились уже в советских паспортах.

Интересная деталь: в некоторых тюркских диалектах «кусюк» может быть вариантом слова «күшік» (щенок). Если так, то имя Кусюкбай — «щенок-богач» — звучит ещё более охранительно (щенок для кочевника — существо слабое, требующее защиты). Но это лишь гипотеза: основная версия с «кусочком» надёжнее, так как она встречается в именословах и не требует перестановки звуков.