Фамилия Кусюкбаева — довольно редкая и почти наверняка тюркская по происхождению. Её основа и структура указывают на имя или прозвище, которое носил предок, а не на профессию или место жительства.

В центре фамилии лежит имя Кусюкбай. Это сложное имя, типичное для многих тюркских народов (казахов, киргизов, башкир, татар), где вторая часть «бай» означает «богатый», «господин», «хозяин». Первая часть «кусюк» (или «күсүк») менее однозначна. Чаще всего её связывают с тюркским словом «күсүк» — «щенок», «детёныш», что в именах могло быть ласкательным или обережным прозвищем для ребёнка. Есть и другая версия: в некоторых диалектах «кусюк» может означать «кусочек», «маленькая часть», что тоже указывает на пожелание или уменьшительную форму. Таким образом, имя Кусюкбай можно перевести как «богатый детёныш» или «маленький бай» — не столько в прямом смысле богатства, сколько как пожелание благополучия и ласковое обращение.

Словообразовательная модель проста: к основе Кусюкбай добавили русский суффикс -ев (с фонетическим изменением -бай на -ба- перед суффиксом), а окончание -а указывает на женскую форму фамилии. Мужской вариант — Кусюкбаев. Такое оформление — обычная практика для тюркских фамилий в русской среде, когда имя предка превращалось в фамилию по патронимическому принципу.

Географически фамилия, скорее всего, тяготеет к регионам с тюркским населением — Казахстану, Киргизии, Башкортостану или Татарстану. В русских исторических документах она не встречается, что подтверждает её позднее (XIX–XX век) закрепление в результате учёта населения. Сословно предки Кусюкбаевых, вероятно, были крестьянами или скотоводами, а не дворянами.

Сравнение с однокоренными фамилиями показывает, что Кусюкбаева — довольно редкий вариант. Чаще встречаются фамилии на -баев (Акбаев, Бекбаев), где первая часть имени более прозрачна. Редкость «Кусюкбаева» делает её ценной для семейной истории: она почти не размыта массовым распространением и хорошо привязана к конкретному роду.