Фамилию Кусакбаев стоит разбирать не с корня, а с географии: она почти наверняка тюркская, а точнее — казахская или башкирская. Об этом говорит суффикс -баев, который в тюркских языках образует фамилии от личных имён, прозвищ или названий профессий. В русской традиции фамилии на -баев (как и на -баев/баев) закрепились за оседлыми тюркскими народами, особенно у казахов, татар и башкир, где приставка «бай» означала «богатый», «хозяин», «господин». Вторая часть фамилии — Кусак — может восходить к нескольким источникам.

Самая прямая версия: имя Кусак — это тюркское личное имя, образованное от корня кус- («птица») с уменьшительным аффиксом -ак. В таком случае Кусак — «птичка», «птенец». Имя могло даваться ребёнку как ласковое прозвище или как оберег, чтобы он рос лёгким и быстрым, как птица. Фамилия Кусакбаев тогда означает «сын Кусака», а сам родоначальник был человеком по имени Кусак.

Есть и другая, менее романтичная версия: слово кусак в некоторых тюркских диалектах (например, в казахском) означает «кусок», «отрезок», «часть». Прозвище Кусак могли дать человеку невысокого роста, коренастому или, наоборот, тому, кто занимался ремеслом — кроил кожу, ткань или работал с мерой. В этом случае фамилия не от имени, а от прозвища по внешности или занятию.

С точки зрения словообразования, модель Кусак-бай (с последующим русским суффиксом -ев) — типичная для казахских фамилий XIX–XX веков, когда при записи в метрики или паспорта к тюркскому имени приставляли русское окончание. Фамилия Кусакбаев не встречается массово за пределами Средней Азии и Поволжья; её носители — почти исключительно казахи и башкиры. В русских переписях и дворянских родословных эта фамилия не фиксируется, что указывает на крестьянское или кочевое происхождение предков.

Таким образом, Кусакбаев — это фамилия-патроним, образованная от личного имени или прозвища Кусак с добавлением тюркского титула «бай» (господин) и русского суффикса принадлежности. Предки носителя фамилии, скорее всего, были скотоводами или ремесленниками, жившими в степи или в южноуральских деревнях.