Фамилия Кусакина — одна из тех, что сразу вызывает вопрос: не связано ли имя предка с укусами? И действительно, в основе лежит прозвище Кусака. В прямом смысле так называли злых животных, которые бросались на людей. Перенесённое на человека, это прозвище, скорее всего, указывало на характер: агрессивность, вздорность, склонность «кусаться» словом или делом.

Но есть и другие версии. В некоторых говорах «кусака» могло означать не только кусающегося, но и нечто кислое, терпкое на вкус. Тогда прозвище мог получить любитель кислых блюд или, например, человек с кислым выражением лица. Ещё одна, более редкая гипотеза, отсылает к киргизскому «куса» — «тоска, печаль». В этом случае Кусакой называли грустного, меланхоличного человека.

Сама фамилия образована по простой и распространённой модели: к основе Кусака добавили типичный русский суффикс принадлежности -ин, означающий «чей?» — то есть «сын Кусаки» или «из семьи Кусаки». Форма Кусакина — женская, мужской вариант будет Кусакин. Фамилия недворянская, скорее всего, крестьянская или мещанская, возникла в среде, где прозвища были живы и передавались по наследству. Стоит заметить, что однокоренные фамилии (Кусаков, Кусакин) встречаются в разных регионах, но Кусакина может указывать на конкретную ветвь рода, где прозвище закрепилось именно в этой форме.